Kristoffer Joner er nevø  av skuespiller/sanger Johannes Joner og komponist/musiker Sverre Indris Joner. Bestefaren var jounalist, og noen ganger underholdningsartist, Knut Joner.Moren Annerut Joner har vært aktiv som skuespiller. Med disse to laget han familieforestillingen Joner & Joner & Joner . Joner var medlem av  Rogaland Barneteater fra 1987 til han var i begynnelsen av 20-årene  , deltok her i musikaler som "Bugsy Malone", "Den Store Fargeslukeren", "Robin Hood og Villungane"

Joner har vært medlem av rockebandet Single Satellites .Han hjalp sin medskuespiller fra Mongoland,  Reidar Ewing, med låtskrivingen på platedebuten. I 2004 var han med i musikalen "Alt for Egil", skrevet av Tore Rygh og Tore Renberg. Han sang låten "Fotballskonå" skrevet av Tor Salomonsen og Sverre Kvam på supporteralbumet "Viking i Hundre", og "Påpirbådar" på "Gode hjerter 2"